Расположен на территории Джейрахского и Сунженского районов Республики Ингушетия и на северном макросклоне Большого Кавказа в Джейрахско-Ассиновской котловине и прилегающих к ней с севера горах Скалистого хребта.
Самые крупные реки в заповеднике – Асса и Армхи, которые наполняются водами за счёт таяния ледников и снега в горах.
В его состав включён государственный природный заказник федерального значения «Ингушский», который существует в регионе с 1971 года.
Всего на территории заповедника сосредоточено 575 видов беспозвоночных, 346 видов позвоночных животных, 1470 видов сосудистых растений, 160 видов мохообразных 285 видов лишайников и 40 видов грибов. Помимо этого, 53 вида растений и 114 видов животных, зарегистрированных на заповедной территории, занесены в Красную книгу Республики Ингушетия.
Из числа редких растений 25 видов сосудистых растений встречаются только на территории заповедника «Эрзи» и не встречаются в других частях региона.
Высокотравные посткопральные растительные группировки в местах многолетних стоянок скота с кустарниками и низкорослыми деревьями создали благоприятные условия для гнездования обыкновенной чечевицы, жулана, садовой горихвостки и ряда других видов.
В воздушном пространстве заповедника также обитают и более крупные птицы – бородач, белоголовый сип, чёрный гриф.
Сотрудниками заповедника разработано 11 туристических маршрутов, из них семь пеших и четыре автомобильных.
Гостям для осмотра доступны святилища, храмы и другие культовые сооружения, башенные поселения, жилые башни, боевые башни, некрополи, склепы и священные рощи – всего более 160 историко-культурных памятников.