Заповедник «Большая Кокшага» расположен на территориях Килемарского и Медведевского административных районов Республики Марий Эл, в 40 километрах к западу от Йошкар-Олы. На природоохранной территории протекает река Большая Кокшага, давшая название заповеднику, а также расположено три озера – Шушьер (пойменно-карстовое), Кошеер (карстовое) и Капсино (пойменное).
Заповедник находится на стыке подзон южной тайги и смешанных лесов, здесь произрастает более 700 видов сосудистых растений. Кроме того, зафиксировано около 200 видов водорослей, более 250 видов лишайников, встречаются редкие виды грибов – осиновик белый, гиропор синеющий, ежовик коралловидный.
Леса занимают 95 процентов природоохранной территории. Здесь преобладают сосновые леса и березняки, также встречаются ельники со значительной примесью лиственных пород – осины, липы, березы. Гордостью заповедника являются уникальные пойменные дубравы.
Среди редких и исчезающих видов растений в заповеднике представлены пальчатокоренники балтийский и Траунштейнера, надбородник безлистный, ятрышник пятнистый и ещё более десяти видов северных орхидей.
На территории заповедника встречается морошка приземистая – реликт ледникового периода, её обычный ареал расположен гораздо севернее. В тёплых водах озера Шушьер произрастает ещё один вид древнейших растений – чилим плавающий, или водяной орех. В пойме Большой Кокшаги встречается редкий древесный вид – осокорь, или тополь чёрный.
В границах заповедника «Большая Кокшага» обитает 50 видов млекопитающих. Широко распространены бурый медведь, лось, кабан, бобр. Рысь и волк, напротив, редки в заповеднике что связано с большими размерами их охотничьих участков.
Несколько видов занесены в Красную книгу Республики Марий Эл – это выдра, хомяк обыкновенный, бурундук и шесть представителей рукокрылых. Один из них – гигантская вечерница – занесён также в Красную книгу Российской Федерации.
В заповеднике обитают более 180 видов пернатых, самые распространённые – зяблик, лесной конёк, горихвостка, пеночки. Встречаются глухарь, рябчик, тетерев, в недоступных частях болот гнездятся серые журавли. Среди водоплавающих птиц наиболее многочисленны кряквы.
В пойменных лесах заповедника обитают краснокнижные хищные птицы: скопа, змееяд, орлан-белохвост, сапсан. Многочисленны серая и длиннохвостая неясыти, встречаются филин, а также воробьиный и мохноногий сычи.
Всего из орнитофауны заповедника 35 видов птиц являются редкими и занесены в Красные книги России и Республики Марий Эл, в том числе большой кроншнеп, лебедь-кликун, глухая кукушка, чёрный аист, чернозобая гагара, ястребиная и белая совы.
Для посетителей в заповеднике разработаны разнообразные однодневные и двухдневные экскурсии. Помимо пеших экологических маршрутов, туристы могут выбрать сплав по реке Большая Кокшага на каноэ, велопрогулку до озера Кошеер, в зимнее время – поход на охотничьих лыжах. Гости заповедника также могут посетить несколько тематических экскурсий, которые отражают жизнь народа мари.