В России распространён широко, но неравномерно. Северная граница ареала проходит по краю лесной зоны с запада от Финского залива до Южной Якутии, юга Магаданской области, Хабаровского края и Приморья включительно. Обитает и в Калининградской области.
На юге – от Верхнего Дона и Нижней Волги в Волгоградской области через Южный Урал к среднему течению Тобола и Иртыша, затем к юго-востоку, захватывая Горный Алтай, и на восток до Приморья, совпадая в азиатской части с государственной границей. В европейской части южная граница ареала охватывает Крым и Кавказ.
В 31 субъекте Российской Федерации большая часть популяции вида гнездится на 113 природоохранных территориях. В их числе заповедники «Брянский лес», «Приокско-Террасный», «Даурский», «Воронежский» и другие.
Общая численность вида на территории России составляет в среднем 500 гнездящихся пар.
У птиц чёрная окраска с заметным металлическим отливом зелёного, фиолетового либо бронзового оттенка, а нижняя часть крыльев и тела, наоборот, белая. Ноги, кожа вокруг глаз и клюв – красные.
Питается птица преимущественно рыбой, мелкими водными позвоночными и беспозвоночными животными. На зимовках может также поедать мелких грызунов, крупных насекомых, изредка змей и ящериц. Охотится на мелководьях, заливных лугах и вблизи водоёмов.
Очень осторожная птица, селится в глухих труднодоступных местах, избегает человека. В поисках пищи может улетать на расстояние от полутора до шести километров и даже дальше.
Наиболее частый звук, издаваемый аистом, – шипение, похожее на громкий вдох, обозначающее предупреждение или угрозу. Самцы также могут выдавать длинную серию визжащих звуков, которые постепенно нарастают, а затем затихают.
Самцы и самки вместе строят гнёзда и заботятся о птенцах.
Люди – единственный известный вид, угрожающий чёрным аистам. Большая часть этой угрозы связана с разрушением среды обитания и охотой. Площадь местообитаний сокращается из‑за масштабной рубки участков спелого леса, осушения болот и заболоченных лесных участков.
Вид занесён в Красную книгу России.