Заповедник создан в Республике Дагестан для сохранения в естественном состоянии участка Кизлярского залива, а также редкого природного образования – бархана Сарыкум.
Здесь занимаются изучением и охраной миграционного пути охотничье-промысловых и редких видов птиц, мест их гнездования и зимовок.
В ведении Дагестанского заповедника находятся два заповедных участка – «Кизлярский залив» и «Сарыкумские барханы». Кроме того, под управлением ФГБУ «Государственный заповедник ″Дагестанский″» находятся три федеральных заказника («Аграханский», «Самурский» и «Тляратинский»), а также национальный парк «Самурский».
Государственный природный заповедник «Дагестанский» состоит из нескольких частей: акватории и прибрежной части Кизлярского залива Каспийского моря, заповедных земель Кумторкалинского и Тарумовского районов Дагестана.
Флора участка «Кизлярский залив» и его окрестностей насчитывает более 250 видов сосудистых растений. Хорошо представлена водная растительность. Прилегающие к охранной зоне участки Ногайской степи представляют собой преимущественно злаково-полынные и солянково-полынные полупустыни.
Во флоре участка «Сарыкумские барханы» и его охранной зоны представлено более 400 видов высших растений. На песчаных склонах Сарыкума произрастают колосняк гигантский, полынь песчаная, вайда песчаная, джузгун безлистный. На менее плотных песках растёт пырей сибирский, встречаются также рожь дикая, ячмень заячий, молочай Сегье, дубровник восточный и вечнозелёная эфедра двухколосковая. Левый берег долины реки Шура-Озень богат луговой растительностью и разреженными полосами из тополей и ивы. В пойме реки на сырых участках встречаются полосы тростников, заросли тамарикса, а по сухим каменистым берегам – заросли кустарников.
В Дагестанском заповеднике и на прилегающей акватории зарегистрировано более 90 различных видов и гибридных форм рыб. Среди них много редких и исчезающих видов: русский осётр, шип, стерлядь, севрюга, белуга, волжская сельдь, белорыбица, кумжа.
На двух участках заповедника зарегистрировано более 80 процентов видового состава птиц Дагестана и около 70 процентов орнитофауны всего Северного Кавказа. Здесь можно встретить такие редкие виды, как малый баклан, египетская цапля, колпица, каравайка, султанка, мраморный чирок, савка, толстоклювый и каспийский зуйки, белохвостая пигалица, малая крачка.
Участок «Кизлярский залив» – составная часть одноимённой ключевой орнитологической территории (КОТР), где происходят гнездования и миграции кудрявого пеликана, малого баклана, пискульки, белоглазого нырка.
Участок «Сарыкумские барханы» и его окрестности имеют большое значение для охраны синего каменного дрозда, красноголового сорокопута, розового скворца, испанской каменки, тугайного соловья, короткопалого воробья.
Всего на заповедной территории зарегистрировано более 290 видов птиц и 64 вида млекопитающих.
На территории заповедника «Дагестанский» расположен самый крупный бархан в Евразии – Сарыкум. В отличие от других подобных памятников природы, он расположен не в пустыне, а в предгорной зоне.
Участок «Кизлярский залив», все три федеральных заказника, а также два кластера национального парка «Самурский» («Дельта Самура» и «Шалбуздаг») частично или полностью расположены в пограничной зоне. Для посещения этих территорий требуется получение специальных разрешений в пограничном управлении ФСБ России по Республике Дагестан.