Результаты учёта показали значительный рост численности обыкновенной белки: 45–66 особей на 1000 гектаров. По предварительным данным, увеличение популяции грызуна связано со снижением количества соболя.
Высокая плотность зайца-беляка отмечена в окрестностях урочища Чарские пески: 43 зверька на 1000 гектаров, тогда как в других частях нацпарка этот вид встречается реже. Учётные данные также подтверждают увеличение численности благородного оленя. Кроме того, в ходе исследования выявлены лисица, косуля и волк.
Помимо млекопитающих на заповедной территории отмечено разнообразие птиц, здесь встречаются пухляки, большие синицы, чечётки, свиристели, серые снегири, кедровки, чёрные и большие пёстрые дятлы, краснобрюхие горихвостки и рябчики.