Национальный парк был основан в 2010 году для сохранения уникальной флоры и фауны Республики Алтай, прежде всего снежного барса, аргали и сибирского горного козла. Общая площадь заповедной территории превышает 118,3 тысячи гектаров и включает три участка: «Сайлюгем», «Уландрык» и «Аргут».
Как отметил Министр природных ресурсов и экологии России Александр Козлов, во многом благодаря Сайлюгемскому нацпарку численность снежного барса на Алтае выросла до 54 особей, а популяция алтайского барана – аргали – достигла рекордных 3756 животных.
На природоохранной территории обитают и такие краснокнижные виды, как манул, сокол-балобан, а также уникальная популяция бурых медведей. Всего зарегистрировано около 50 видов млекопитающих и почти 150 видов птиц. Из них 20 видов пернатых занесены в Красные книги России и региона.
Особое внимание в национальном парке уделяют развитию экологического туризма. Для посетителей разработаны конные, пешие и автомобильные маршруты продолжительностью от двух до 12 дней. Например, маршрут «Тропой алтайских козерогов» позволяет подняться на высоту около трёх тысяч метров над уровнем моря, а однодневная экскурсия «Алтайский Марс» знакомит с живописными пейзажами ущелья Кызыл-Чин.