Находится в Республике Башкортостан в предгорье Уральских гор, в междуречье рек Белой (Агидель) и Нугуш, на хребтах Ямантау, Кибиз, Утямыш, Баш-Алатау.
На территории национального парка зафиксировано около 813 видов высших сосудистых растений, что составляет 45 процентов всей флоры Башкирии. При этом 125 видов считаются редкими в Предуралье и на Южном Урале, а 55 видов занесены в Красные книги различных уровней. Особо ценным ботаническим объектом является Медвежья поляна: здесь встречается реликт горно-азиатского происхождения – ускун или лук косой.
Вся территория национального парка входит в список КОТР (ключевых орнитологических территорий России) под названием «Бельско-Нугушское междуречье».
23 вида птиц занесены в Красную книгу России, а 12 видов – в Красный список Международного союза охраны природы. В их числе – краснозобая казарка, белоглазый нырок (чернеть), турпан, степной лунь, большой подорлик, могильник, балобан, кобчик, большой кроншнеп, сизоворонка, чернозобая гагара, курганник, змееяд, степной орёл, беркут, орлан-белохвост, бородатая неясыть, большая белая цапля, чёрный аист, лебедь-кликун, огарь, скопа, осоед, белая лазоревка, серый сорокопут, удод, сапсан, степная пустельга, ходулочник, кулик-сорока, малая крачка, филин.
Всего на заповедной территории зарегистрировано 67 видов млекопитающих и 242 вида птиц.
Одно из направлений деятельности национального парка – сохранение бортничества как исконного местного промысла. 60 процентов растительности особо охраняемой природной территории составляет липа сердцелистная, которая формирует медопродуктивную базу.
На территории нацпарка расположено много пещер, поэтому для туристов созданы все условия для скалолазания и спелеологии.
Кроме того, большой популярностью у гостей заповедной территории пользуются сплавы по реке Нугуш.
Национальный парк «Башкирия» входит в биосферный резерват «Башкирский Урал», созданный под эгидой ЮНЕСКО в 2012 году.