Первый заповедник России расположен на северо-восточном побережье озера Байкал, на западных склонах центральной части Баргузинского хребта. Изначально он создавался с целью сохранения баргузинского соболя от полного уничтожения из‑за бесконтрольной охоты, восстановления его ареала и численности на северо-восточном побережье озера.
В настоящее время миссия заповедника более широкая – сохранение и изучение типичных и уникальных природных комплексов северо-восточных берегов Байкала.
Около 60 процентов площади заповедной территории занимают горы. Флора здесь представлена шестью растительными комплексами и 86 группами растительности. Преобладающая порода – кедр. 31 вид сосудистых растений и девять видов лишайников занесены в Красный список Международного союза охраны природы, Красную книгу России и в Красную книгу Бурятии.
Фауна наземных позвоночных включает 44 вида млекопитающих, 290 видов птиц, шесть видов рептилий, три вида амфибий, 37 видов рыб и свыше четырёх тысяч видов насекомых. Из 44 видов млекопитающих более 80 процентов – типичные обитатели леса. Среди них есть таёжные виды (белка-летяга, средняя и крошечная бурозубки), восточно-палеарктические виды (кабарга, соболь, колонок, азиатская лесная мышь, бурундук, лесной лемминг), палеарктические виды (изюбр), центральноазиатские горно-тундровые виды (альпийская пищуха и большеухая полёвка).
В акватории озера Байкал обитает эндемичная байкальская нерпа. Из ценных промысловых видов рыб водятся хариус, омуль, сиг. Два вида птиц – орлан-белохвост и чёрный аист – занесены в Красный список Международного союза охраны природы.
Одна из особенностей этих мест заключается в скудной фауне земноводных и пресмыкающихся.
По заповедной территории проложено несколько экологических троп. Для посещения необходимо заранее получить разрешение у администрации ФГБУ «Заповедное Подлеморье», в управлении которого находится заповедник.
Свою первоначальную задачу – сохранение и восстановление популяции соболя – заповедник выполнил к середине 1930-х годов и в дальнейшем из целевых перешел в категорию комплексных. В 1986 году ему был присвоен статус биосферного. В 1996 году территория заповедника вошла в состав объекта Всемирного природного наследия ЮНЕСКО «Озеро Байкал».