Гнездовой эндемик России. Весь гнездовой ареал европейской популяции находится в европейской части России в пределах Ненецкого автономного округа, части Ямало-Ненецкого автономного округа и архипелага Новая Земля. Наибольшие концентрации на гнездовании и линьке отмечены на западном побережье Печорской губы.
Вид мигрирует через Калининградскую, Псковскую, Новгородскую, Вологодскую, Ленинградскую, Архангельскую области и Республику Карелия.
В период гнездования, линьки и миграции встречается в заповеднике «Ненецкий» и заказниках федерального значения «Ненецкий» и «Нижнепечорский», а также заказниках регионального значения – «Вайгач», «Шоинский», «Море-Ю», «Двинский», «Беломорский», «Лебяжий» и «Выборгский».
По данным авиаучёта, проведённого в районах беломоро-балтийского пролётного пути в 2015–2016 годах, численность в период осенней миграции оценена в 17,4 тысячи особей, в Ненецком автономном округе – в 15,7 тысячи.
В районе североморского побережья численность серьёзно снижается, а в некоторых районах отмечено исчезновение вида.
Малый лебедь – самый крупный представитель гусеобразных в Арктике, что обуславливает самый длительный репродуктивный период. Только в случае раннего гнездования есть шанс на успешное размножение в условиях короткого лета. Вступает в размножение в возрасте не ранее четырёх лет.
Основа питания птиц – маршевая и подводная растительность, ягоды. В рационе у птенцов доля животных кормов достигает 50 процентов.
Пары образуют на всю жизнь. Гнездятся одиночно. Часть неразмножающихся пар охраняет территории.
Причины снижения численности на североевропейских зимовках не выяснены. Они могут быть связаны с сокращением площади подводных лугов на традиционных местах зимовок. Из природных факторов критично выпадение снега и замерзание водоёмов, лишающие птиц доступа к пище.
Причины низкого успеха размножения могут быть связаны со снижением качества кормовых местообитаний на зимовках и путях весеннего пролёта. Серьёзную угрозу может представлять нефтяное загрязнение водоёмов и суши, а также браконьерство в гнездовых районах.
Популяция европейской части России малого лебедя занесена в Красную книгу Российской Федерации.