Нацпарк был создан в 1986 году в Иркутской области. В 1996 году территория в составе участка «Озеро Байкал» вошла в список объектов Всемирного природного наследия ЮНЕСКО.
За четыре десятилетия специалисты нацпарка восстановили уникальные экосистемы: в урочище Тёмная Падь вновь разрослись кедровые леса, пострадавшие в прошлом веке от вырубок, а на острове Ольхон возрождена популяция изюбров, которая достигла 240 особей – максимума за 80 лет.
Прибайкальский национальный парк стал первопроходцем цифровизации среди особо охраняемых природных территорий России. В 2020 году здесь была запущена первая в стране система онлайн-оформления разрешений на посещение. Мониторинг ведётся с помощью беспилотников и фотоловушек с мгновенной передачей данных.
В 2025 году нацпарк посетили 188,5 тысячи человек. Особой популярностью по‑прежнему пользуется Ольхонский кластер.