Существуют две изолированные популяции японского журавля – континентальная и островная (на Южных Курильских островах). Гнездовая часть ареала континентальной популяции сильно фрагментирована. Основные районы гнездования в России расположены на Среднеамурской равнине и в Приханкайской низменности.
Обитают птицы на удалённых от населённых пунктов влажных лугах, болотах и в заболоченных низинах рек.
Вид охраняется в Хинганском, Ханкайском и Болоньском заповедниках, Забеловском, Гануканском, Амурском заказниках, в Хасанском парке и Муравьёвском парке устойчивого природопользования, а также в ряде региональных заказников.
Общая численность вида составляет 3,5 тысячи особей.
Японский журавль – один из самых крупных среди представителей своего семейства, его рост может достигать полутора метров. По окраске отличается от сородичей белым оперением с небольшим количеством чёрных перьев на голове, шее и крыльях. Макушка головы у взрослых особей лишена оперения, кожа на ней красного цвета, в период зимовки и перелётов становится тёмно-бордовой.
Журавли предпочитают животную пищу: рыбу, птиц и их яйца, мышевидных грызунов, земноводных, моллюсков и водных насекомых. Растительными кормами питаются в основном на зимовках, хотя и в другие сезоны могут поедать почки, побеги и корневища болотных растений.
В период гнездования каждая пара журавлей занимает свой участок и активно защищает его от других представителей вида. Во время миграции птицы, напротив, собираются в большие стаи.
Вся их жизнь сопровождается ритуалами, или танцами, как их называют орнитологи. Японские журавли издают характерные звуки и выполняют определённые движения не только при ухаживании в брачный период, но и после приёма пищи, перед сном, на зимовках. Каждой ситуации соответствуют определённые поклоны, прыжки, повороты тела и головы.
Угрозу для вида представляют исчезновение, фрагментация и деградация мест обитания в результате хозяйственной деятельности и из‑за естественных природно-климатических явлений. Влияние на численность популяции оказывает также охота на птиц вне территории их охраны.
Вид занесён в Красную книгу Российской Федерации.